El procedimiento consiste en seccionar al estómago creando un pequeño reservorio gástrico con una capacidad de entre 15 y 30 ml. Para re-establecer el tránsito intestinal, el reservorio gástrico se conecta a un asa de intestino delgado, formando el «asa alimentaria» . La bilis y las secreciones bilio-pancreáticas continúan su tránsito habitual a través del «asa bilio-pancreática», la cual se une al asa alimentaria para formar un «canal común».  La absorción de los nutrientes se lleva a cabo en el canal común, al mezclarse el alimento con las secreciones bilio-pancreáticas.

El control de la obesidad con esta cirugía se basa en los siguientes aspectos: La creación de un pequeño reservorio gástrico que restringe la ingesta de alimentos a pequeños volúmenes, asociado a una optimización en la absorción de los nutrientes disminuyendo la absorción de estos, al saltar (bypass) el alimento el 90% del estómago y la primera parte del intestino delgado (Duodeno y Yeyuno). Por otro lado se dispara una serie de hormonas gastro-intestinales que envían información al cerebro, al hígado y al páncreas que modifican la ingesta y la utilización de los alimentos. Igualmente la Ghrelina (hormona producida en el estómago excluido y encargada de la información de saciedad) esta disminuida su producción lo que hace que el paciente presente menos ansiedad por la comida.

Aunque la práctica del Bypass Gástrico compromete una actividad médica de medio y no de resultados razón por la cual no se puede garantizar el resultado, pero la mayoría de los pacientes sometidos a un Bypass Gástrico pierden por encima el 80% de su sobrepeso en los primeros 12 meses pero su alta efectividad puede disminuir con el tiempo y las complicaciones a medino y largo plazo han hecho que esta técnica sea reemplazada por otras con mejores resultados.